Cela fait déjà bien longtemps déjà que le Sage aux Six Chemins a enseigné les voies du ninja à ses nombreux disciples et représentants qui arborent fièrement depuis peu de temps, le savoir qui leur à été inculqué.
La maîtrise du Ninjutsu se répandait à une vitesse impressionnante, des civilisations, des clans vivaient en autarcie totale. Chacune de ces populations nomades se mirent à maitriser les ninjutsus élémentaires.
L'eau (Suiton), le feu (Katon), la terre (Doton), la foudre (Raiton) et enfin le vent communément appelé "Futon". Mais certains échappèrent à cette règle en ayant une affinité différente, plus rare.. est très convoitée.
Durant les premiers âges, de nombreux conflits éclatèrent entre ce que l'on appelait à présent "shinobis. Ces conflits aboutirent à la création de "camps", plus étendues, et par la suite de villages.
Les dignes pratiquants du Suiton prirent possession des îles à l'est, tandis que ceux de la terre occupèrent les montagnes du nord-ouest, laissant les plaines de l'Est aux pratiquants de la foudre, le désert à ceux qui manipulaient le vent. Les dignes héritiers de la volonté du feu, quant à eux, s'installèrent dans les vastes forêts du sud. Mais la création des villages ne signifiait pas pour autant la fin des hostilités. Désormais, soutenus financièrement par les daimyos, les shinobis possédaient de plus de moyens pour mener leurs guerres et étendre leurs royaumes.
À ce jour, le monde a connu deux guerres impliquant les cinq Grands Pays: "les Grandes Guerres Shinobis". La première vit l'hégémonie de Konoha s'installer, tandis que la deuxième fit revenir le monde dans un statut quo, et permit la création de villages mineurs et l'extension de la communauté Yakuzas dans le monde.
Aujourd'hui, le monde shinobi est toujours instable. Une guerre se profile à l'horizon tandis que de violentes tensions commencent à se manifester au sein de certains villages cachés. Les relations inter-villages ne semblent jamais avoir été aussi tendues. Les kage, ninjas les plus puissants de leurs villages endossent le poids de la réussite comme de l’échec totale. Leur responsabilités menacées les obligent à redoubler de vigilance, de façon à ce que ces terres ne sombrent pas dans le chaos

« Une nouvelle fois la guerre couve.
Mais d'où le premier coup partira?
C'est à vous de le décider ! »